水族箱里誕生了4條小魚(yú)，其中包括哈羅德的女兒伊莎貝爾。伊莎貝爾的身上長(cháng)著(zhù)不好看的斑點(diǎn)還缺失了一些鱗片，她的長(cháng)相遭到魚(yú)群的其他成員嘲笑。魚(yú)群首領(lǐng)瑟斯頓要求哈羅德必須把伊莎貝爾藏起來(lái)否則被人來(lái)發(fā)現將會(huì )把他們丟進(jìn)大海里。貪玩的伊莎貝爾還是被人類(lèi)發(fā)現了，她和哈羅德一起被丟進(jìn)浩瀚無(wú)邊的大海里。海上突如其來(lái)的巨大風(fēng)浪使得水族箱里的魚(yú)都掉進(jìn)大海,一時(shí)之間，伊莎貝爾和哈羅德失散了。伊莎貝爾偶遇了艾普爾并結識了一群長(cháng)相奇特的魚(yú)，它們皆因外在缺陷被同族排擠。在艾普爾的帶領(lǐng)下，伊莎貝爾和其它魚(yú)準備穿越火山抵達珊瑚礁尋找哈羅德。另一邊，哈羅德在海黃瓜卡爾的陪同下找尋女兒未果，傷心欲絕，隨魚(yú)群離去。成功穿越火山的伊莎貝爾在珊瑚礁與哈羅德相遇，而珊瑚礁女王的出現更令父女驚喜，原來(lái)女王竟是伊莎貝爾的媽媽。一家人歡聚在一起。