故事將從沉睡在福薩馬格納的古代化石集合在一起，變成巨大的怪獸并前往東京的背景下展開(kāi)。人類(lèi)將其視為自然災害，只有妖怪們注意到了真相，開(kāi)始擔心未來(lái)。這樣下去世界就會(huì )滅亡。能夠封鎖這一現象的是繼承了傳說(shuō)中妖怪獵人血統的琦玉縣所澤市小學(xué)生渡邊兄，被視為拯救世界的勇者的少年和卷入其中的妖怪們展開(kāi)了大冒險。