突襲世界的大災難“第二次沖擊”后,世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見(jiàn)到父親迎接的他,卻見(jiàn)到名為“暫無(wú)內容使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下,特務(wù)機關(guān)NERV的葛成美里將真嗣救下,并將其帶往碇元渡所統領(lǐng)的NERV總部。但迎接真嗣的,卻是是父親冷酷地命令:駕駛稱(chēng)為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰斗。本已表示拒絕的真嗣,看到重傷的替補駕駛員綾波麗后,決定遵從父親的命令。就這樣,從未受過(guò)作戰訓練的真嗣,準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。